玩偶姐姐 麻豆 孟德尔就地化常用数据库

?专注R谈话在?生物医学中的使用玩偶姐姐 麻豆

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今天先容下孟德尔就地化常用的数据库，这些数据库存储了许多可免费下载使用的GWAS数据，可以纯粹众人白嫖，使用这些免费的数据进行孟德尔就地化分析。有些玄虚性的网站的数据是重合的。

ieu open gwas project

网址：https://gwas.mrcieu.ac.uk/

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现时最纯粹亦然用的最多的一个玄虚性的GWAS网站。

该资源网站由布里斯托大学的MRC玄虚流行病学部门（Integrative Epidemiology Unit，IEU）开荒，东说念主秘要理了超多的GWAS撮要数据。可用于免费下载、查询、分析等。

该表情领先是四肢 MR-Base 和 LD Hub 表情的基础数据库，现时可通过官方API提供给更多的器具使用，比如R、Python等。

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TwoSampleMR可径直通过官方API查询、下载、分析其中的数据，只有惩处了采集问题，果真曲直常好用。

该数据库系数的GWAS撮要数据都通过VCF局势存储，官方提供了成心的R包用以处理这些数据。若是你的采集问题无法惩处，那么可以商酌径直下载VCF局势的原始文献进行处理，可以得到和在线获取一模相同的结束。然而这么作念对电脑的内存又有要求。。。

FINNGEN

网址：https://www.finngen.fi/en

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FinnGen（Finnish Genetics）研究于 2017 年秋季在芬兰开动，是一项将基因组信息与数字医疗保健数据相连络的特有研究。FinnGen研究是一个前所未有的全球研究表情，代表了此类研究中鸿沟最大的研究之一。该表情旨在通过基因研究改善东说念主类健康，并最终笃定调整多种疾病的新调整靶点和会诊次序。

Finngen揣摸是芬兰学术机构、医疗机构和公司的合罪犯果。该研究由芬兰国度商务促进局和13家海外制药公司资助：艾伯维、阿斯利康、渤健、勃林格殷格翰、百时好意思施贵宝、罗氏集团成员基因泰克、葛兰素史克、杨森、Maze Therapeutics、默沙东、诺华、辉瑞和赛诺菲。

FINNGEN中的GWAS数据可用于孟德尔就地化研究中，这些数据都是可以免费下载使用的。而且还在不停更新中，结束到写这篇著述时（2024.1.3）更新到了第10版（2023.12.18更新）。

biobank

网址：http://www.nealelab.is/uk-biobank

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Neale实验室的UK Biobank数据库是一个大型、恒久的生物医学研究表情玩偶姐姐 麻豆，旨在探讨基因与健康情景之间的关系。这个数据库的想象和实践得到了英国国度医学研究理事会（MRC）等机构的复古。

UK Biobank表情汇集了来自50至70岁之间的约50万名英国住户的平日数据，包括基因型、临床测量、侦查问卷、生物样本等。UK-Biobank表情聘用了恒久追踪的想象，以便概况追踪参与者的健康和疾病情景，从而更好地相识基因与疾病之间的关系，以及基因与环境之间的相互作用。

在孟德尔就地化研究中，UK-Biobank的GWAS数据可以用作器具变量，匡助研究者评估特定身分对于疾病或其他生物学特征的因果效应。

现时免费版的uk biobank数据更新到2018年8月，这部分数据可以免费下载使用。若是要得到更新更多的数据，需要付费。

系数的官方分析数据的代码都可以径直在github找到。

除此除外还有个PAN-UKB：https://pan.ukbb.broadinstitute.org/

这是一个提高6个大陆的多东说念主种研究，对7228 个表型进行了多血缘分析，总计进行了 16，131 项全基因组关联研究。

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这些数据亦然可以免费下载使用的。

GWAS Catalog

网址：https://www.ebi.ac.uk/gwas/

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该网站由NHGRI（National Human Genome Research Institute）于2008年创立，以粗拙已发表的全基因组关联研究（GWAS）数目的快速增长。这些研究为研究常见变异对复杂疾病的影响提供了前所未有的契机，然而识别已发表的GWAS数据是很贫窭的，若是分别这些数据进行系统的回来，研究东说念主员实践上无法看望这些出书物中包含的无数数据。

GWAS目次提供了一个一致的、可搜索的、可视化的和免费提供下载的SNP性状关联数据库，可以很容易地与其他资源集成，并可供宇宙各地的科学家、临床大夫和其他用户看望。

在该网站中，系数稳健条目的已发表的GWAS研究都通过文献搜索进行识别，并由使命主说念主员进行评估，然后由他们索求文献中波及的性状、蹙迫的 SNP 性状关联和样本元数据。计划是在著述发表后 1-2 个月内阐明文献的可用性筹办稳健条目的研究，况兼数据每周发布一次。2020年以后还经受了未发布的GWAS数据的提交。

已发布的GWAS数据可通过网站的搜索页面进行搜索检察，也可径直下载，还可以通过API调用。GWAS的汇总额据也可通过FTP进行下载。

1000 Genomes Project

网址：https://www.internationalgenome.org/

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千东说念主基因组揣摸在2008年~2015年工夫实践，创建了最大的东说念主类变异和基因型数据人人目次。跟着表情的达成，EMBL-EBI的数据中心得到了Wellcome Trust的资助，并创建IGSR（International Genome Sample Resource）网站，以确保千东说念主基因组揣摸数据的可看望性。

1000G的数据中除了有欧洲东说念主的数据，还有许多亚洲东说念主（包括中国东说念主）的数据。这些数据都可在线查询或者下载使用。

PGC

网址：https://pgc.unc.edu/

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PGC（PSYCHIATRIC GENOMICS CONSORTIUM）是有史以来最大的神经病学生物学侦查网站。

官网先容：自2007年以来，PGC一直勤劳于揭示遗传学在精神疾病中的作用。归根结底，咱们但愿改善那些患有精神疾病的东说念主的活命。神经病学基因组学定约是神经病学史上最具改动性的实验之一。咱们照旧支援了该鸿沟的大部安分容，以便在剖析精神疾病的遗传基础方面取得快速进展。咱们有来自36个国度的800+研究东说念主员和>400K受试者。

PGC和底下先容的SSGAC、CTG都所以文献为主进行整理的，相配于是它帮你把文献整理好了，你可以径直下载使用其中的数据进行MR分析，无须我方再一篇篇的找了。

SSGAC

网址：https://www.thessgac.org/

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全称是：Social Science Genetic Association Consortium

SSGAC 于 2011 年 2 月 12 日在波士顿与 CHARGE（基因组流行病学腹黑和虚弱研究部队）定约会议共同配置。在研讨会上，来自不同学科的50多名研究东说念主员皆聚一堂，盘算配置一个研究定约以研究社会科学恶果遗传学的必要性和可行性。

SSGAC配置的一个主要推能源是东说念主们越来越果断到，社会科学中现存的基因发现次序不时无法产生可复制的发现。SSGAC对于讲授进度的试点表情照旧讲明了对社会科学遗传学遴选替代性、严格的大数据次序的可行性。该定约正在进行和改日的表情将不时聘用这种基因发现次序，并勤劳于将这些发现的办法整合到医学和社会科学研究中。

CTGLAB

网址：https://ctg.cncr.nl/

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CTGlab（Complex Trait Genetics Lab）的研究探索了大脑关系健康和疾病个体各异的遗传和环境原因。该网站整合了来自不同鸿沟（遗传学、神经科学、生物信息学、生物学、机器学习）的常识，使用和开荒分析器具来分析和相识复杂性状的基因组数据，并与神经科学掂量起来，以讲明湿实验室实验中的因果关系。

CTGlab 由 Danielle Posthuma 于 2008 年配置，是 VU 和阿姆斯特丹大学医学中心 CNCR 内的一个袖珍研究小组。自 2014 年以来，CTGlab 是 CNCR 和 Amsterdam-UMC 的一个子部门。

除此除外，还有许多的其他的数据库莫得先容到，比如MiBioGen、GTEx，这些数据库是用来作念肠说念菌群MR、药物靶点MR的；

此外还有许多文献中的数据亦然可以使用的，许多文献中还会先容一些不太常见的数据库，等我汇集好了再共享一波~

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